Aukščiausias profesinės sąjungos vadovaujantis organas yra profesinės sąjungos narių susirinkimas (konferencija), kuris renka profesinės sąjungos komiteto pirmininką (jis yra ir komiteto narys), komiteto narius, iždininką ir revizijos komisiją. Plačiau aprašyta Vaistinių darbuotojų profesinės sąjungos įstatuose.
